El proyecto incluye un Mapa de riqueza de especies de orquídeas en áreas de conservación, el cual permite identificar las áreas con mayor concentración de diversidad orquideológica en Costa Rica. Mediante la ubicación geográfica de estos puntos, se pueden identificar los sitios de mayor importancia para la conservación de estas plantas y los principales focos de biodiversidad. Asimismo, se utiliza una Tabla de riqueza de especies de orquídeas en áreas de conservación, la cual brinda un desglose detallado de las especies presentes en cada área protegida. Esta tabla facilita la comparación de la diversidad de orquídeas entre distintas localidades, permitiendo identificar las especies más relevantes en cada una y destacando la singularidad de cada área en términos de conservación orquideológica.
Adicionalmente, se emplean Gráficos estadísticos para presentar los datos recopilados. Un Gráfico de barras de riqueza de especies de orquídeas en áreas de conservación muestra la cantidad de especies presentes en cada área protegida, proporcionando una visualización clara de la diversidad a lo largo del territorio costarricense. También se genera un Gráfico de barras que representa la cantidad de registros de presencia por especie, centrándose específicamente en las 10 especies de orquídeas con mayor número de registros. Este gráfico permite comprender las especies más frecuentes y abundantes en estas áreas, lo cual es de gran relevancia para la conservación y seguimiento de sus poblaciones.
Mediante la combinación de estos elementos visuales y estadísticos, se busca arrojar luz sobre la riqueza de especies de orquídeas en áreas de conservación en Costa Rica. El análisis y visualización de estos datos proporcionará una comprensión más profunda de la importancia de estos entornos protegidos como refugios para la diversidad biológica, y contribuirá a promover la conservación de estos hábitats únicos.
Código
# Carga de los datos de areas de conservaciónareas_conserva <-st_read(dsn ="https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2023-i/main/datos/sinac/areas_conservacion_simp_10m.geojson",quiet =TRUE ) |>st_transform(4326)
Código
# Carga de datos de orquídeas de Costa Ricaorquideas <-st_read("C:/Users/User/OneDrive/Escritorio/Tarea 3/datos_gbif_orquideas.csv",options =c("X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude" ),quiet =TRUE )# Asignación del CRS WGS84st_crs(orquideas) <-4326
Código
# Unión espacial de orquídeas y areas de conservación orquideas_union_areas <-st_join(x = orquideas,y = dplyr::select(areas_conserva, nombre_ac), join = st_within )
Código
# Conteo de la cantidad de especies de orquídeas en areas de conservación riqueza_especies_orquideas_areas <- orquideas_union_areas |>st_drop_geometry() |>group_by(nombre_ac) |>summarize(riqueza_especies_orquideas =n_distinct(species, na.rm =TRUE))
Código
# Unión (no espacial) de áreas de conservación y riqueza de orquídeasareas_union_riqueza <-left_join(x = areas_conserva,y = dplyr::select(riqueza_especies_orquideas_areas, nombre_ac, riqueza_especies_orquideas),by ="nombre_ac" ) |>replace_na(list(riqueza_especies_orquideas =0))
Mapa de riqueza de especies de orquídeas en áreas de conservación
Código
# Paleta de colores de riqueza de especiescolores_riqueza_especies <-colorNumeric(palette ="Reds",domain = areas_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas,na.color ="transparent")# Paleta de colores de especiescolores_especies <-colorFactor(palette =viridis(length(unique(orquideas$species))),domain = orquideas$species)# Mapa leafletleaflet() %>%setView(lng =-84.19452, lat =9.572735, zoom =7) %>%addTiles(group ="Mapa general (OpenStreetMap)") %>%addProviderTiles( providers$Esri.WorldImagery,group ="Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)" ) %>%addPolygons(data = areas_union_riqueza,fillColor =~colores_riqueza_especies(areas_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas),fillOpacity =0.8,color ="black",stroke =TRUE,weight =1.0,popup =paste("<strong>AreaConservación:</strong>", areas_union_riqueza$nombre_ac, "<br/>","<strong>Riqueza de especies:</strong>", areas_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas ),group ="Riqueza de especies" ) %>%addScaleBar(position ="bottomleft",options =scaleBarOptions(imperial =FALSE) ) %>%addLegend(position ="bottomleft",pal = colores_riqueza_especies,values = areas_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas,group ="Riqueza de especies",title ="Riqueza de especies" ) %>%addCircleMarkers(data = orquideas,stroke =FALSE,radius =4,fillColor =~colores_especies(orquideas$species),fillOpacity =1.0,popup =paste("<strong>Especie:</strong>", orquideas$species, "<br/>","<strong>Localidad:</strong>", orquideas$locality, "<br/>","<strong>Fecha:</strong>", orquideas$eventDate, "<br/>","<strong>Fuente:</strong>", orquideas$institutionCode, "<br/>","<a href='", orquideas$occurrenceID, "'>Más información</a>" ),group ="Registros de presencia" ) %>%addLayersControl(baseGroups =c("Mapa general (OpenStreetMap)", "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"),overlayGroups =c("Riqueza de especies", "Registros de presencia"),options =layersControlOptions(collapsed =FALSE) ) %>%addResetMapButton() %>%addSearchOSM() %>%addMouseCoordinates() %>%addFullscreenControl() %>%hideGroup("Registros de presencia")